故事设定在2065年的日本，由于“Y染色体衰败症”蔓延，男性新生儿出生率降到冰点。政府为了延续文明，设立了“生命特区”。健康男性被集中关押，像珍贵的种马一样被定期采集基因，他们失去了姓名，只有编号，被称为“世纪的男性”。主角“零号”是其中抵抗意识最强的一个，他拥有过去时代的记忆，记得人类曾有的尊严。特区的女性管理员“晴”被分配负责心理疏导，却在与零号的接触中，逐渐发现这项国策背后的黑暗——财阀集团私下利用男性的基因制造用于战争的克隆人，而那些在繁殖中“报废”的男性则会被制作成维持官员寿命的营养剂。最终，零号和晴决定摧毁这个系统，哪怕这意味着人类文明将走向真正的终结，也要还生命最后的尊严。
这是一部极具冲击力的社会派科幻寓言，彻底翻转了现实中的性别权力关系，却得出了同样的悲剧结局。影片色调冰冷，充满了对生育崇拜和国家机器的批判。结尾处“零号”的笑声令人不寒而栗，是对文明的彻底嘲讽。
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